L’administració d’antibiòtics pot donar peu a l’aparició d’una gran diversitat d’efectes indesitjables, que en general no tenen gaire importància perquè remeten en suspendre’s el tractament, tot i que en alguns casos produeixen lesions serioses o irreversibles.

En general, els efectes adversos es presenten en tractaments prolongats o amb dosis elevades. Això no obstant, en algunes circumstàncies es produeixen durant les primeres fases del tractament, fins i tot si s’administra a dosis relativament baixes.

La presentació dels efectes adversos durant l’administració d’antibiòtics depèn, bàsicament, d’algunes característiques pròpies d’aquests fàrmacs, com poden ésser: el mecanisme d’acció o la toxicitat; la via d’administració que s’empra; les dosis que se n’administren; i diverses circumstàncies inherents a la persona que segueix un tractament amb antibiòtics, com ara l’al·lèrgia o la sensibilització envers determinats antibiòtics, l’embaràs, l’administració simultània d’altres fàrmacs, o l’existència prèvia de certs trastorns, com gastritis o úlcera pèptica, insuficiència renal o insuficiència hepàtica.