En la majoria dels casos, els vaccins resulten pràcticament innocus per a l’organisme. Això no obstant, de vegades poden donar lloc a certs efectes no desitjats, l’eventual aparició dels quals depèn bàsicament del tipus de vaccí que s’hi aplica i de les característiques de la persona vaccinada.

L’aplicació de qualsevol tipus de vaccí per via subcutània o intramuscular pot generar-hi una reacció inflamatòria local, amb envermelliment, calor i dolor, que apareix al cap de 24 a 72 hores d’efectuada la vaccinació. Es tracta d’una reacció totalment normal, produïda pel flux de cèl·lules defensives cap a la zona on s’ha realitzat la inoculació, i no implica que en la zona s’estigui desenvolupant un procés infecciós.

També, en alguns casos, després de l’administració d’un vaccí, hi apareixen alguns signes o símptomes d’ordre general, com ara febrícula o febre, malestar, cansament o feblesa muscular, que també són una repercussió de la intensa activitat a què es veu sotmès el sistema defensiu, en haver inoculat en l’organisme una dosi important d’antígens.