Els fongs tenen diversos mecanismes de reproducció, segons les espècies o les condicions fisicoquímiques del medi. Esquemàticament, aquests són la gemmació, la fragmentació i l’esporulació.

La gemmació consisteix en la formació d’un rovell o botó en un punt determinat de la cèl·lula mare, a partir del qual es forma la cèl·lula filla. En les fases incipients, el rovell es compon de rèpliques dels àcids nucleics de la cèl·lula mare, i de diverses estructures citoplasmàtiques, com ribosomes i mitocòndries. Posteriorment, aquests elements s’envolten amb les seves pròpies membrana citoplasmàtica i paret cel·lular i, finalment, el rovell sencer es desprèn, i es constitueix una cèl·lula nova. La gemmació és la forma característica de reproducció d’alguns llevats.

La fragmentació constitueix un mitjà de reproducció típic de les hifes, que, quan per alguna raó s’esqueixen, conserven la capacitat de regenerar-se i reproduir-se per a formar-ne una de nova.