Els bacteris es classifiquen en diverses categories taxonòmiques segons una gran varietat de característiques. Aquestes característiques inclouen bàsicament criteris morfològics, com la forma, les dimensions i la presència d’elements facultatius; tintorials, com per exemple el fet de poder ésser tenyides amb el mètode de tinció Gram —la qual cosa permet la diferenciació de bacteris grampositius i gramnegatius—; fisiologies, com el fet de requerir oxigen o no per al seu creixement —cosa que permet de diferenciar respectivament els bacteris aerobis i els anaerobis; nutricionals; bioquímics, com ara característiques dels enzims que posseeixen, o de sensibilitat envers diversos tipus d’antibiòtics.