Segons el tipus de microorganisme contra el qual han estat concebuts, hi ha bàsicament dues menes de vaccins: els vaccins bacterians i els vaccins vírics. En l’actualitat no hi ha vaccins eficaços que previnguin les malalties infeccioses produïdes per fongs o protozous.

D’altra part, segons el contingut, també hi ha dues menes de vaccins: els vaccins vius, o atenuats, compostos per bacteris o virus atenuats, i els vaccins morts, o inactivats, compostos per bacteris o virus morts, o bé per partícules que se n’han extret, com ara proteïnes, polisacàrids, lípids o toxines, que presenten característiques idèntiques a les dels microorganismes i, per tant, després d’inoculades, hi generen una resposta immune eficaç.