Són anomenades malformacions congènites de l’aparell genital femení una sèrie d’alteracions de les estructures anatòmiques de l’aparell genital femení que es troben presents des del naixement i són causades per un trastorn en el desenvolupament embrionari.

L’origen d’aquestes malformacions pot ésser de dos tipus. En alguns casos són degudes a una alteració genètica, és a dir, a una alteració dels cromosomes que contenen la informació per al desenvolupament de tot l’organisme; encara que algunes alteracions genètiques poden ésser hereditàries, les que causen malformacions genitals no solen ésser-ho. En d’altres casos són degudes a una alteració en el procés de formació de les estructures embrionàries, causada per trastorns durant l’embaràs, com una malaltia que hagi patit la mare, l’administració d’unes substàncies determinades, o bé per causes desconegudes.

Les alteracions congènites que es poden presentar són nombroses, però la majoria són molt poc freqüents. Només n’hi ha algunes que es presenten amb una certa freqüència.