Són anomenades micosis pulmonars les infeccions pulmonars causades per fongs microscòpics. De fet, és més aviat estrany que els fongs arribin a infectar el teixit pulmonar, perquè els mecanismes defensius de la mucosa respiratòria solen impedir l’entrada d’aquest tipus de gèrmens als pulmons. En general, doncs, les micosis pulmonars es presenten en, persones el sistema immunitari de les quals es troba alterat a conseqüència d’una malaltia que l’afebleix, com la SIDA, o d’un tractament amb medicaments que l’inhibeixen. També es poden presentar després d’un tractament prolongat amb antibiòtics, que arriba a alterar l’equilibri entre els microorganismes que normalment es troben en les vies respiratòries superiors, i afavoreixen el desenvolupament dels fongs.