Segons l’estructura, la grandària, el metabolisme i el tipus de reproducció, els fongs es classifiquen en diverses categories taxonòmiques, que, en ordre decreixent, inclouen, abreujadament, els subgrups, els gèneres i les espècies. Els fongs potencialment patògens per a l’ésser humà s’inclouen dins quatre subgrups: els anomenats Zygomycotina, Ascomycotina, Basidiomycotina i Deuteromycotina. El subgrup Zygomycotina es compon de fongs sense envans, de consistència molt dura, que es reprodueixen per espores sexuals. El subgrup Ascomycotina inclou bàsicament —a més de llevats—, fongs que adopten la forma de micelis amb envans i que es reprodueixen bàsicament per espores asexuades. El subgrup Basidiomycotina inclou fongs que es reprodueixen amb les anomenades basidiòspores, és a dir, espores sexuals que es formen a partir de la unió de dos nuclis cel·lulars d’una mateixa hifa. El subgrup Deuteromycotina, el que inclou més fongs patògens per a l’ésser humà, integra nombroses espècies de fongs levaduriformes i filamentosos amb envans.