L’estructura dels protozous és senzilla perquè consten únicament d’una cèl·lula eucariota, és a dir que té un nucli veritable o fins i tot més d’un, que igualment es troba envoltat per una membrana nuclear. El citoplasma d’aquesta cèl·lula és semblant al de les cèl·lules dels organismes superiors, ja que conté diverses estructures com mitocòndries o ribosomes, que li permeten de processar i obtenir energia dels elements que el protozou incorpora del medi extern. El citoplasma, igualment, es troba envoltat per una membrana citoplasmàtica, que, al seu torn, és envoltada per una fina membrana cel·lular, que protegeix i separa l’organisme del medi extern.
La principal característica morfològica dels protozous és que tenen unes estructures fines i allargades anomenades pseudopodis, flagels o cilis, segons les espècies, que es projecten des de la membrana cel·lular cap al medi extern, i que atorguen mobilitat a l’organisme, alhora que li permeten d’adherir-se amb una certa fermesa a determinats tipus de superfícies.