Segons el tipus d’estructura que els atorga mobilitat, les espècies de protozous paràsits de l’home es poden classificar en quatre grans classes, que per convenció reben una denominació en grec antic o llatí: Rhizopodea, o rizòpodes, Zoomastigophorea o flagel·lats, Ciliatea o ciliats, i Telosporea o esporulats.