A part els elements obligats, nombroses espècies de bacteris tenen altres estructures que s’anomenen elements facultatius, entre els quals s’inclouen la càpsula, el glucocàlix, els flagels, les fímbries i les espores.

La càpsula és un recobriment prim i semicompacte que cobreix per fora la paret cel·lular d’algunes espècies de bacteris, i que és formada bàsicament per hidrats de carboni i elements proteics.

Sol contenir un sol bacteri. Tanmateix, però, en nombroses espècies engloba dues o més cèl·lules bacterianes, les quals, per tant, han de traslladar-se, si ho fan, conjuntament.

La funció de la càpsula és protegir els bacteris de la sequedat ambiental, de la infecció per bacteriòfags o virus que parasiten els bacteris i de la fagocitosi, és a dir, el mecanisme pel qual les cèl·lules defensives dels organismes infectats engloben i digereixen les partícules estranyes com els bacteris. Igualment, la càpsula protegeix els bacteris dels efectes nocius o letals de certs tipus d’antibiòtics.