L’examen directe consisteix en l’observació de l’agent infecciós o el paràsit de l’home causant de la infecció en la mostra de líquids o secrecions orgàniques extretes del pacient.

L’examen directe es pot realitzar a ull nu, quan l’agent causal del trastorn és visible per a l’ull humà, com els helmints adults en les matèries fecals; o bé amb un microscopi, com s’esdevé pràcticament en tots els altres casos.

Per a detectar microscòpicament els gèrmens es recull una petita fracció de la mostra i es diposita en la superfície del portaobjectes, de manera que quedi cobert amb una pel·lícula de líquids o secrecions fàcilment observable al microscopi.