La selecció d’un antibiòtic determinat es realitza després de deduir-se o confirmar-se l’agent etiològic de la malaltia infecciosa de què es tracta, considerant quins són els antibiòtics l’espectre dels quals n’inclou el microorganisme i tenint en compte l’eventual possibilitat que s’hi produeixin efectes adversos, o que hi hagi contraindicacions, segons les característiques del cas. D’aquesta manera, per a cadascuna de les malalties infeccioses hi ha una sèrie d’antibiòtics de primera línia, és a dir, d’ús preferent, i de segona o tercera línia, que es reserva per a aquells casos en què, per alguna circumstància, per exemple perquè generen efectes adversos indesitjables o per estar contraindicats, els de primera línia se suspenen o es descarten. Per exemple, la penicil·lina G es considera l’antibiòtic de primera línia per al tractament d’infeccions provocades per Streptococcus pyogenes; però si aquest antibiòtic estigués contraindicat, potser perquè el subjecte té antecedents d’al·lèrgia a la penicil·lina, s’indica l’administració de cefalosporines, que en aquest cas són considerades de segona línia.