És anomenat hàbitat natural el lloc on els diversos microorganismes viuen normalment, com per exemple els sòls, l’aigua o l’organisme d’animals o de persones. Són anomenats font d’infecció els nínxols ecològics des dels quals els microorganismes i paràsits humans es propaguen cap a l’organisme humà, on provoquen una infecció. Generalment, l’hàbitat natural d’un germen constitueix alhora una font d’infecció.

En general les fonts d’infecció contenen un nombre elevat de microorganismes o paràsits de l’home, ja que disposen dels elements necessaris perquè s’hi reprodueixin amb facilitat i rapidesa. No obstant això, en alguns casos, les fonts d’infecció només constitueixen el reservori d’uns gèrmens determinats, en el qual aquests no es poden reproduir amb rapidesa, per bé que sobreviuen i conserven la seva capacitat d’infectar l’organisme humà.

Segons la localització, hom diferencia, esquemàticament, dos tipus de fonts d’infecció: les exògenes i les autògenes.