És anomenat via de propagació o difusió el recorregut que efectuen els microorganismes després de passar la porta d’entrada. Les vies de propagació són immensament variables segons la localització de la porta d’entrada de la infecció i el tipus de microorganismes de què es tracta. N’hi ha, però, de molt característiques.

Una de les vies de propagació més importants és la determinada pels conductes i els òrgans a través dels quals els teixits orgànics comuniquen amb l’exterior o amb el tub digestiu. Així, per exemple, gèrmens que s’estableixen en la uretra poden avançar per aquest conducte fins a atènyer la bufeta urinària, els urèters o els ronyons; els que es localitzen en la mucosa vaginal poden passar a l’úter; els que es troben en la cavitat oral poden ingressar pels conductes salivals fins a arribar a les glàndules salivals, o els que s’implanten en la mucosa duodenal es poden precipitar cap als conductes pancreàtics i passar al pàncrees o penetrar en el colèdoc i atènyer el fetge o la vesícula biliar.